Учебный план ни о чем не говорит. Если будете учиться - научат и здесь, и там. Если не будете учиться - никакой план не спасет. Считается, что математическая подготовка на физтехе лучше, но это все относительно. В целом, отбор на физтех жестче, поэтому учатся только те, кто действительно хотел, а не те, кто пошел "потому что идти куда-то надо". А это влияет на общий настрой. Ну и действительно главное отличие - базовые кафедры. В МГУ процесс организован немного по-другому.