С юридической точки зрения, вы имеете право учиться на договорной основе в любом количестве вузов.

С практической точки зрения, учеба на Физтехе очная (с 9 до 18 часов), очень напряженная и предполагающая усвоение большого объема материала дома. Совмещать учебу на 1-3 курсе МФТИ и другого вуза просто нереально.

Если все-таки хотите учиться в МФТИ, стоит подумать о поступлении в магистратуру после получения диплома бакалавра.